本協会の母体である「心霊科学研究会」は、大正12年3月に浅野和三郎先生の主唱によって設立されました。 その目的は、人間の精神の働き、霊魂および死後の世界に関する諸問題の解明を科学的研究手段によって推進し、その基礎にたって、さらにスピリチュアリストとしての霊能発揮実践を目指すことにありました。

昭和12年、浅野先生の帰幽により、実兄浅野正恭先生とともに研究会を継承した脇長生主幹は、その精神を堅く守りながら会の発展のために尽くされました。脇先生の人生の後半は、その実践応用を重視し、実行機関として日本スピリチュアリスト協会（昭和34年）を併設しました。このような経過の中で多大な業績が生まれました。

昭和53年に脇先生が帰幽された後、心霊科学研究会の主な機能を協会に集約し、一時期会員の合議制によって運営されましたが、平成8年からは、法人化により、新たな活動をはじめております。